研究所非常重視對外交流合作。近年來,我所與中國科學院的海洋所、水生生物研究所、南海海洋研究所,中國水產科學院的黃海水產研究所及南海水產研究所,國家海洋局的幾個研究所,中國海洋大學、廈門大學、上海海洋大學、廣東海洋大學、中山大學、暨南大學、浙江大學、南京農業大學等國內科研機構和大學的專家學者建立了學術交流與合作關系;同時,也與美國、英國、日本、德國、加拿大、法國、意大利、阿根廷、匈牙利等國家的專家學者進行交流合作。此外,我所還聘請國內外的一些高水平專家學者擔任省重點實驗室的學術委員或顧問教授、客座教授等。通過這些交流合作,為我所帶來了先進的科學知識、科學理念、科學思維和科研手段,對加強學科建設、提高教學科研水平及對外聯系等發揮重要作用。